Atelier Shallie: Alchemist of Dusk Sea é o décimo sexto jogo da série Atelier e é a sequência direta de Atelier Escha & Logy, que fez muito sucesso entre os fãs de MMORPG que estavam esperando por um bom jogo do tipo. Seguindo a linhagem do jogo anterior, ainda é possível controlar dois personagens ao mesmo tempo do jogo.
A história do jogo se passa cerca de 6 anos após o início do Atelier Escha & logia. No jogo fontes de água secam a partir de uma cidade-oásis, as plantas murcham e animais passar fome. É aqui onde dois alquimistas diferentes se encontram. Enquanto Shallistera visa encontrar uma maneira de salvar sua aldeia da morte, Shallotte Elminus continua sua vida em uma tentativa de tornar-se uma alquimista de alto nível.